Virus MERS-Cov telah menyebar hingga ke negara-negara lain di luar Arab Saudi. Hal ini
dikarenakan virus MERS-CoV dapat bermutasi dengan cepat sehingga dikhawatirkan dapat
mengancam kesehatan masyarakat bahkan kesehatan dunia. Virus ini berkembang dan menjadi
penyakit pernapasan akut serta angka kematian mencapai 30% di antara 536 kasus. Salah satu cara
untuk mengelompokkan virus MERS-CoV adalah dengan mengelompokkan susunan DNA pada virus
MERS-CoV yang memiliki kesamaan sifat dan fungsinya. Spectral clustering merupakan salah satu
metode pengelompokkan yang dapat mengidentifikasikan ekspresi gen DNA. Metode ini juga mampu
mempartisi data DNA dengan struktur yang lebih rumit dibandingkan dengan metode partisi
clustering. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis clustering virus MERS-CoV menggunakan
metode spectral clustering dan algoritma k-means.Penelitian ini menggunakan pendekatan literature
deskriptif kuantitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil clustering dengan metode spectral
clustering dan algoritma k-means dihasilakan tiga cluster dan lebih homogen dibandingkan dengan
clustering hanya menggunakan k-means saja.