Extreme Programming atau XP Model adalah Framework pengembangan aplikasi yang digunakan untuk membuat aplikasi yang membutuhkan pengembangan dengan adaptasi secara cepat. Bahkan dalam kondisi aplikasi masih digunakan, penggunaan model pengembangan ini cukup sesuai jika diterapkan pada pengembangan beberapa fitur Aplikasi Bioinformatika. Maraknya penggunaan fitur interoperabilitas yang terdapat pada banyak aplikasi telah memudahkan banyak pengembang sistem dalam mengembangkan aplikasi di berbagai perangkat sistem. Begitu pula aplikasi bioinformatika yang banyak melakukan beragam telaah secara in silico. Pengembangan aplikasi menggunakan XP Model untuk aplikasi khusus jarang digunakan terlebih untuk penambahan fitur, kesulitannya adalah susahnya menerapkan adaptasi cepat pada pengembangan fitur interoperabilitas tanpa desain dan analisis pada aplikasi khusus. Kontribusi dari penulisan paper ini adalah untuk membuat catatan dan blueprint dari penambahan fitur interoperabilitas aplikasi bioinformatika. Disamping itu XP model merupakan metode yang berbeda ketika digunakan untuk melakukan proses pengembangan aplikasi terlebih jika digunakan untuk penambahan fitur pada aplikasi khusus. Kesuksesan yang diperoleh dalam pengembangan aplikasi ini tidak lepas dari kelebihan XP model itu sendiri, karena XP model mampu dilaksanakan dalam kondisi kekurangan sumber daya manusia serta berkemungkinan menerapkan prinsip dan teknik praktis dalam proses pengerjaannya. Hasilnya, pengembangan dilaksanakan secara cepat dan aplikasi tersebut berjalan dengan baik melalui hasil tes sehingga aplikasi bioinformatika dapat digunakan untuk melakukan proses in silico melalui interaksi antar aplikasi ke aplikasi kepenyedia dataset.