Permukiman yang terus tumbuh dan berkembang membutuhkan lingkungan permukiman yang sehat. Pemangku kepentingan kesulitan mengklasifikasikan dan menyajikan data kesehatan lingkungan permukiman, membutuhkan waktu yang lama, kurang akurat, dan kurang lengkap. Aplikasi sistem pakar kesehatan lingkungan permukiman dibangun berbasis website menggunakan Metode Certainty Factor berdasarkan 7 aspek persyaratan kesehatan lingkungan permukiman. Pengembangan aplikasi sistem pakar mengadopsi Metode Expert System Development Life Cyrcle (ESDLC) yang meliputi tahap Assessment, The Acquisition of Knowledge, Design, Testing, Documentation, dan Maintenance. Aplikasi sistem pakar dibangun mengguanakan Notepad++, framework CodeIgniter, MySQL, dan Apache. Hasil perbandingan antara perhitungan manual dan aplikasi mempunyai nilai skor yang sama. Hal tersebut dapat dijadikan bukti bahwa aplikasi sistem pakar yang dibangun dapat digunakan untuk membantu klasifikasi kesehatan lingkungan permukiman. Hasil klasifikasi dapat dijadikan acuan kebijakan dan bentuk pelaporan kesehatan lingkungan permukiman setiap tahun oleh pemangku kepentingan.