Stok obat merupakan informasi penting untuk proses penjualan. Stok yang ada tidak sesuai dengan kebutuhan konsumen, pendistribusian obat yang kurang dibutuhkan di stok akan menimbulkan kerugian karena obat sudah kadaluarsa akibat terlalu lama disimpan di gudang. Masalah lainnya adalah obat tidak dapat memprediksi obat yang dibutuhkan banyak, untuk mengatasi masalah tersebut diperlukan suatu sistem prediksi. Permasalahan tersebut dapat diselesaikan dengan metode pohon keputusan untuk prediksi persediaan obat. Konsep dari Algoritma Pohon Keputusan adalah mengubah data menjadi pohon keputusan dan aturan keputusan. Pengembangan sistem dengan model Waterfall, menggunakan bahasa pemrograman PHP, database My SQL, perancangan sistem menggunakan pendekatan berorientasi objek, pengujian sistem menggunakan Black Box untuk uji fungsionalitas, pengujian validitas dengan alat rapid miner. Hasil dari pengembangan sistem adalah prediksi penjualan obat di toko obat.. Hasil dari pengujian black box adalah semua sistem yang dikembangkan bekerja dengan baik. Hasil uji validitas dengan membandingkan sistem lama dengan sistem baru dengan rapid miner, dengan menggunakan 30 sampel transaksi akurasinya sebesar 89% yang berarti sistem tersebut memiliki kinerja yang baik.