Penyakit karies gigi merupakan gejala awal pada gigi berlubang yang menjadi masalah serius bila tidak ditangani dengan baik. Ada beberapa bagian penyakit karies gigi diantaranya karies pulpitis, karies kalkulus, karies media, karies liken planus, dan lain-lain. Agar menghasilkan sebuah nilai kepastian maka diperlukan suatu kaidah penyakit. Penelitian ini menggunakan 10 kaidah penyakit. Dari 10 kaidah penyakit tersebut selanjutnya digunakan metode certainty factor (CF) untuk menangani nilai ketidakpastian. Pada penelitian ini nilai faktor kepastian diperoleh dari paramedis dan pakar. Nilai CF dari paramedis diberikan saat melakukan diagnosa terhadap suatu gejala dan nilai CF terhadap penyakit diberikan oleh pakar. Dari contoh kasus yang diberikan, proses perhitungan dengan certainty factor pada kaidah pertama user yang mengalami penyakit Pulpitis Akut menghasilkan nilai 0.98, sedangkan pada kaidah ketiga user dengan penyakit Karies Media menghasilkan nilai 0.97. Dari hasil kedua penyakit tersebut dapat disimpulkan bahwa penyakit Pulpitis Akut memiliki nilai kepastian yang lebih tinggi dibandingkan dengan penyakit Karies Media. Sebagai kesimpulan bahwa sistem pakar diagnosa karies gigi menggunakan metode CF mampu mengambil keputusan dengan memberikan solusi dan berfungsi sebagai alternatif saat konsultasi gigi.