Kandidiasis adalah penyakit infeksi yang disebabkan oleh jamur candidia. Penelitian tentang jamur ini sudah banyak dilakukan hingga ditemukan beberapa jenis jamur candidia yang dapat menyerang dan menyebabkan infeksi pada manusia. Jenis penyakit kandidiasis juga beragam, namun dapat digolongkan secara umum menjadi tiga jenis yaitu yang menyerang mulut (Candidiasis Thrush), vagina (Candiasis Vulvoginal), dan kulit (Candidiasis Cutaneous). Penyakit kandidiasis sangat rentan menjangkit dan menular, oleh karena itu dibutuhkan sebuah study untuk mendiagnosa penyakit kandidiasis. Dewasa ini sistem pakar sering digunakan untuk mendiagnosa penyakit. Ada beberapa metode yang umum digunakan dalam kepakaran diantaranya metode Certainty Factor dan Theorema Bayes. Namun masalah yang dihadapi dalam mengimplementasikan sistem pakar pada bidang apapun adalah faktor ketidakpastian. Hal ini disebabkan oleh keraguan pengguna dalam menjawab pertanyaan saat sesi konsultasi atau bahkan ketidaktepatan metode yang digunakan dalam membangun sistem. Oleh karena itu perlu dipelajari dan dibandingkan metode yang dapat digunakan untuk membangun sistem. Perbandingan eksponensial merupakan metode perbandingan sederhana yang mampu mengurangi bias dalam proses analisa yang dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk menerapkan dan menganalisa kedua metode tersebut dan membandingkan hasilnya dengan metode perbandingan eksponensial dalam mendeteksi penyakit kandidiasis pada manusia. Hasil dari penelitian ini didapatkan bahwa kedua metode tersebut mencapai hasil yang sama yaitu tingkat persentase terendah ada pada penyakit Candidiasis Truth, kemudian Candidiasis Vuvoginal, dan yang paling tinggi Candidiasis Cutaneous. Dari kedua metode ini, Certanty Factor lebih akurat dalam mendiagnosa penyakit kandidiasis.