Penelitian ini membahas tentang perancangan sebuah system yang khusus menangani masalah penyakit autis pada anak. Autisme adalah salah satu perilaku yang terjadi kepada seseorang khususnya seorang anak yang menyebabkan sulit berinteraksi sosial. Sistem pakar adalah sebuah system yang merepresentasikan kemampuan seorang pakar ke dalam sebuah mesinDimana pada penelitian ini membahas bagaimana menganalisis 2 metode pada system pakar yaitu Certainty Factor dan Teorema bayes untuk diagnosa penyakit autis pada anak yang bertujuan untuk menentukan metode mana yang paling tepat dan baik untuk digunakan atau diimplementasikan kedalam sebuah aplikasi. yang akan berguna nantinya dalam menentukan kategori anak autisme.Berdasarkan penelitian yang dilakukan penulis didapatkan gambaran sederhana analisis perbandingan metode Certainty Factor dan Teorema Bayes dimana metode Certainty Factor memiliki akurasi perhitungan di atas 90%.