Pembangunan nasional ditentukan oleh sumber daya manusia yang berkualitas. Pendidikan merupakan kegiatan yang universal dalam kehidupan suatu manusia. Untuk menciptakan manusia yang berkualitas harus dibekali dengan pendidikan, baik pendidikan di sekolah maupun pendidikan luar sekolah. Permasalahan utama pendidikan yang ada di Kabupaten Manokwari, Papua Barat adalah masih banyaknya anak-anak yang tidak melanjutkan Pendidikan atau berhenti sekolah ditengah perjalanannya. Algoritma Naïve Bayes dengan operator Cross Validation digunakan untuk menganalisis data dan memprediksi anak yang berpotensi putus sekolah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat akurasi prediksi sebesar 70%. Metode Naïve Bayes cenderung memberikan hasil yang akurat dalam memprediksi anak-anak yang tidak berpotensi putus sekolah dengan class precision sebesar 88.89%. Namun, metode ini memiliki keterbatasan dalam memprediksi anak-anak yang berpotensi atau sangat berpotensi putus sekolah, dengan class precision dan class recall yang rendah untuk label tersebut 0.00%.