Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan membentuk suatu program MerdekaBelajarKampusMerdeka (MBKM) dengan tujuan untuk meningkatkan kompetensi lulusan mahasiswa baik soft skills maupun hard skills, agar lebih siap dan relevan dengan kebutuhan zaman, menyiapkan lulusan sebagai pemimpin masa depan bangsa yang unggul dan berkepribadian. Namun, program MBKM tidak selalu efektif dalam meningkatkan mutu seorang mahasiswa, karena masih ada beberapa kekurangan di dalamnya. Beberapa mahasiswa juga dirasa belum mendapatkan hasil yang maksimal saat mengikuti program MBKM. Bahkan tidak semua program yang ditawarkan oleh mitra MBKM mendapatkan penilaian berupa nilai Softskill. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengklasifikasi apakah program MBKM berpengaruh terhadap performance mahasiswa program MBKM dengan menerapkan metode Multivariate Imputation by Chained Equation (MICE) dalam mengatasi missing value pada klasifikasi performance mahasiswa MBKM Fakultas Ilmu Komputer Universitas Dian Nuswantoro. Kualifikasi terhadap performance mahasiswa MBKM sangat penting karena kita perlu mengetahui apakah program tersebut memang dirasa efektif atau belum untuk diteruskan kedepannya. Pada penelitian ini peneliti menggunakan dataset yang berasal dari laporan MBKM Mahasiswa Fakultas Ilmu Komputer Universitas Dian Nuswantoro. Peneliti memperoleh data dengan melakukan data collection dari sertifikat dan hasil laporan Mahasiswa MBKM. Data yang diambil adalah sejumlah 277 buah untuk training dan 69 buah untuk testing. Selanjutnya peneliti menggunakan algoritma Support Vector Machine (SVM) untuk proses klasifikasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa performa model algoritma Support Vector Machine (SVM) dengan penanganan missing value MICE memiliki hasil akurasi yang lebih baik dengan nilai akurasi sebesar 98.07% dibanding dengan menggunakan metode imputasi Mean yang hanya memperoleh akurasi sebesar 97.34%.