Anak didefenisikan Stunting jika tinggi badan anak menurut usia kurang dari -2 Standar Deviasi (SD) dibawah Median kriteria pertumbuhan WHO dan Stunting disebabkan oleh gizi yang tidak mencukupi, penyakit yang berulang, dan faktor multidimensi lainnya. Berdasarkan permasalahan tersebut, maka dilakukan sebuah penelitian yang mengembangkan Sistem Pakar deteksi dini status Stunting pada balita menggunakan metode Naive Bayes. Pengumpulan data dilakukan dengan studi pustaka dan wawancara pada Dinas Kesehatan Kabupaten Bantul. Tahap pengembangan sistem meliputi akuisisi pengetahuan, membuat basis pengetahuan, menentukan basis aturan, membuat model keputusan dengan Naive Bayes, membuat desain perancangan sistem yang selanjutnya diimplementasikan kedalam program komputer. Tahap terakhir adalah penguji kelayakan seluruh fungsional dan non-fungsional sistem melalui pendekatan black-box test, expert judgement dan system usability scale. Penelitian ini menghasilkan Sistem Pakar yang dapat mendeteksi dini Stunting pada balita dan memberikan solusi penanganan yang tepat serta memberikan nilai kemungkinan terhadap status Stunting pada balita. Berdasarkan pengujian dengan pendekatan black-box menunjukkan bahwa semua fungsional sistem dapat berjalan sesuai dengan kebutuhan dan akurasi dengan expert judgment menghasilkan tingkat keakuratan sebesar 100% serta score system usability scale yaitu 90 atau dapat disimpulkan bahwa Sistem Pakar yang telah dibangun layak untuk digunakan.